金黄色葡萄球菌ymdB基因的克隆表达及生物信息学分析

论文摘要

[目的]克隆、表达金黄色葡萄球菌ymd B基因,并对其编码产物进行生物信息学分析。[方法]以金黄色葡萄球菌ATCC 25923菌株的基因组DNA为模板,用聚合酶链式反应扩增ymd B基因,将扩增基因酶切后与表达载体pET-32a（+）连接,构建重组质粒并转化大肠杆菌TG1,增菌培养后提取质粒,经PCR、基因测序鉴定后,再转化大肠杆菌BL21（DE3）,对转化菌株进行诱导后,进行10%SDS-PAGE分析。使用Protparam、PSORT、CDD、Signal P 4. 1、TMpred、Net Phos 3. 1 Server、PSIPRED、SWISS-MODEL等软件,分析YmdB蛋白的氨基酸数目、相对分子质量、理论等电点、带电荷氨基酸总数、半衰期、稳定性、疏水性、亚细胞定位、保守结构域、信号肽、跨膜区、磷酸化位点、二级结构、三维结构等。[结果]构建了表达载体pET-32a（+）-ymd B,在37℃经异丙基-β-D硫代半乳糖苷（IPTG）诱导后获得表达。YmdB蛋白由266个氨基酸组成,相对分子质量为30134. 53Da,等电点为6. 23,正电荷氨基酸总数为33个,负电荷氨基酸总数为35个,在大肠杆菌内的半衰期为10 h以上,是稳定的亲水蛋白质,定位于细胞质中,与YmdB蛋白家族具有相似的保守结构域,没有信号肽,有一个跨膜区和14个磷酸化位点,二级结构中ɑ螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占42. 11%、9. 40%、48. 49%,三维空间结构与二级结构预测结果大致相同。[结论]成功克隆、表达了金黄色葡萄球菌ymdB基因,并对YmdB蛋白进行了生物信息学分析,为深入研究该蛋白的分子作用机理打下一定基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 实验材料
•     1.1.2 试剂
•     1.1.3 仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 ymdB基因的PCR扩增与重组表达载体的构建
•     1.2.2 ymdB基因的诱导表达
•     1.2.3 YmdB蛋白的理化性质与亚细胞定位分析
•     1.2.4 保守结构域分析
•     1.2.5 信号肽、跨膜区预测和磷酸化位点分析
•     1.2.6 YmdB蛋白二级结构预测
•     1.2.7 Ymd B蛋白三维结构分析
• 2 结果与分析
•   2.1 ymdB基因的扩增与重组表达载体的构建
•   2.2 SDS-PAGE分析
•   2.3 YmdB蛋白序列特征分析
•   2.4 保守结构域分析
•   2.5 信号肽、跨膜区预测和磷酸化位点分析
•     2.5.1 信号肽分析
•     2.5.2 蛋白质的跨膜区预测
•     2.5.3 磷酸化位点分析
•   2.6 YmdB蛋白二级结构预测
•   2.7 YmdB蛋白质三维结构分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 夏佳音,陈新江,李文通,吴佳艳,羊晓敏

关键词: 基因,蛋白,克隆,原核表达,生物信息学,金黄色葡萄球菌

来源: 生物技术 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 浙江医药高等专科学校制药工程学院,宁波卫生职业技术学院医学技术学院

基金: 浙江省教育科学规划课题(2019SCG114),宁波市教育科学规划重点课题(2018YZD035),浙江医药高等专科学校校级科研项目(ZPCSR2016008)

分类号: Q78;R378.11

DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2019.03.0038

页码: 215-219

总页数: 5

文件大小: 350K

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