基于传统分离培养和高通量测序分析市售咸鳓鱼中微生物多样性

论文摘要

以6种浙东地区市售咸鳓鱼为对象,采用分离培养的方法结合16S rDNA V4可变区高通量测序较为全面地探究其中微生物多样性,并且分析分离菌株氨基酸脱羧酶基因及常见抗生素耐药基因携带情况。试验共分离获得151株可培养细菌,16S rDNA测序将其鉴定至14个属和23个种,其中芽孢杆菌数量最多(98株,64.90%);葡萄球菌其次(20株,13.25%);嗜冷杆菌次之(13株,8.61%)。132株分离菌株携带组氨酸脱羧酶基因,占比高达87.42%;鸟氨酸脱羧酶基因和赖氨酸脱羧酶基因的携带比例分别为46.36%和45.03%。耐药基因携带率处于较低水平。高通量测序研究结果表明,门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)是市售咸鳓鱼中主要优势微生物。碱杆菌属(Alkalibacillus)、慢性芽孢杆菌属(Lentibacilus)、狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、梭菌属(Clostridiaceae)等分别在不同样品中占据较高比例,不同来源样品中微生物多样性呈现出较大的差异。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与试剂
•   1.2 主要仪器
•   1.3 方法
•     1.3.1 微生物的计数、分离与鉴定
•     1.3.2 氨基酸脱羧酶基因扩增
•     1.3.3 耐药基因扩增
•     1.3.4 16S rDNAV4区PCR扩增及高通量测序
•   1.4 数据统计与分析
• 2 结果与分析
•   2.1 咸鳓鱼样品微生物分离及分离菌株16S rDNA测序鉴定
•   2.2 氨基酸脱羧酶基因扩增结果分析
•   2.3 耐药基因扩增结果分析
•   2.4 16S rDNA V4高通量测序的咸鳓鱼细菌菌群分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 毛海萍,袁开,金仁耀,冯俊丽,戴志远,吴佳佳

关键词: 咸鳓鱼,微生物,多样性,分离培养,高通量测序

来源: 食品研究与开发 2019年21期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑,农业科技

专业: 轻工业手工业,水产和渔业

单位: 浙江工商大学海洋食品研究院,中国计量大学生命科学学院,浙江省水产品加工技术研究联合重点实验室

分类号: TS254.1

页码: 193-201

总页数: 9

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