基于16S rRNA基因高通量测序研究狞猫肠道微生物多样性（英文）

论文摘要

【目的】研究狞猫肠道微生物多样性特征。【方法】对7只健康成年野生狞猫（2只雄性,5只雌性;2只来自济南野生动物园,5只来自威海野生动物园）粪便微生物16S rRNA基因V3–V4区进行高通量测序,对狞猫肠道微生物多样性进行研究。【结果】7只狞猫共获得肠道微生物16S rRNA基因V3–V4区有效序列1458741条,平均208392条,序列平均长度433 bp。通过以97%的序列相似性进行分类,获得操作分类单元（OTU）平均233个。经序列比对和分类鉴定,这些OTU都属于细菌域,包括13个门,26个纲,43个目,75个科,119个属。其中,丰度最高的细菌门是厚壁菌门（Firmicutes,平均占61.7%）、放线菌门（Actinobacteria,12.42%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,7.79%）、梭杆菌门（Fusobacteroidetes,7.79%）和变形菌门（Proteobacteria,7.53%）。丰度最高的科依次是消化链球菌科（Peptostreptococcaceae,平均占16.15%）,梭菌科I（ClostridiaceaeI,14.78%）,毛螺菌科（Lachnospiraceae,13.13%）,红蝽杆菌科（Coriobacteriaceae,12.31%）等。丰度最高的属是柯林斯氏菌属（Collinsella,11.44%）,艰难梭菌属（Peptoclostridium,10.91%）,狭窄梭菌属1（Clostridiumsensustricto1,10.3%）,拟杆菌属（Bacteroides,7.41%）,消化链球菌属（Peptostreptococcus,5.21%）等。7只狞猫的肠道微生物中有平均15.35%的OTU没有归类到属。样本间聚类分析结果表明,来自同一动物园的样本聚为一支。【结论】本文通过高通量测序技术研究了狞猫肠道微生物的组成和多样性特征,为狞猫的救护饲养和消化生理学研究提供基础数据。

论文目录

• 1 Materials and Methods
•   1.1 Sample collection
•   1.2 DNA extraction,16S rRNA gene amplification by PCR,and sequence processing
• 2 Bioinformatics Analysis
• 3 Results
•   3.1 Sequencing data and OTU annotations
•   3.2 Species annotation and abundance analysis
• 4 Discussion
• Competing interests
• Availability of date and materials
• Ethical approval and consent to participate

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 陈磊,刘咪,沙未来,高迎,陈佳欣,朱静

关键词: 肠道微生物,狞猫,基因测序

来源: 微生物学报 2019年09期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 曲阜师范大学生命科学学院

基金: 国家自然科学基金(31400473),山东省林业科技创新计划(LYCX07-2018-36),山东省高等学校科技计划(J14LE16),国家级大学生创新创业训练计划(201710446077)~~

分类号: S852.6

DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190097

页码: 1685-1694

总页数: 10

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