导读:本文包含了表达谱基因芯片论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因芯片,基因,差异,细胞,胶原酶,前列腺素,微血管。
表达谱基因芯片论文文献综述
施洋,樊官伟,候宝林,樊登峰,张伟[1]（2019）在《采用基因芯片技术研究丹红注射液对急性心肌梗死模型大鼠基因表达谱的影响》一文中研究指出目的:探讨丹红注射液(DHI)对急性心肌梗死(AMI)模型大鼠基因表达谱的影响。方法:将雄性SD大鼠随机分为假手术组、模型组和DHI组(0.76 m L/kg),每组10只。模型组和DHI组采用冠状动脉左前降支结扎法复制AMI模型。造模后,假手术组和模型组大鼠均肌内注射等容生理盐水,DHI组大鼠肌内注射相应药物,每日1次,连续14 d。末次给药后,分离大鼠梗死边缘区心肌组织,采用基因芯片技术检测基因表达谱的变化情况,以相对表达量差异倍数为指标,筛选差异表达微RNA(miRNA)。在检索其对应基因的基础上,利用DAVID生物信息学资源数据库和KEGG通路数据库分别进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析;借助TargetScan数据库预测差异表达miRNA对应的靶基因信使RNA(mRNA),采用Cytoscape 3.6.1软件构建miRNAmRNA网络并进行分析,采用Agilent GeneSpring GX v11.5软件筛选上述网络中与炎症相关的靶基因和miRNA。结果:与假手术组比较,模型组差异表达miRNA共22个,其中上调5个、下调17个;与模型组比较,DHI组差异表达miRNA共26个,均为上调;与DHI治疗AMI有关的差异表达miRNA包括rno-let-7a-5p、rno-let-7d-5p、rno-let-7f-5p、rno-miR-26b-5p、rno-miR-29b-3p、cel-miR-39-3p、cel-miR-39-5p、rno-miR-142-5p、rno-miR-191a-5p、rno-miR-409a-3p。GO和KEGG通路富集分析结果显示,差异表达miRNA对应基因主要集中在膜结合细胞器、细胞质、内膜系统等细胞组分中,通过解剖结构发育、多细胞组织发育、发育过程等生物过程来发挥蛋白结合、离子结合等分子功能;其主要富集于钙信号通路,过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路,血管内皮生长因子(VEGF)信号通路,细胞凋亡,糖基磷脂酰肌醇锚定生物合成,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解等信号通路上。miRNA-mRNA网络分析结果显示,与差异表达miRNA对应的靶基因mRNA共25个,与之关联的miRNA共24个;该网络中与炎症相关的靶基因共6个(IL6、IL1b、TNF、TLR4、CRP、CXCL12),涉及差异表达miRNA共19个。结论:DHI对AMI的治疗作用可能与调节相关miRNA的表达,影响钙离子、PPAR、VEGF等通路的信号转导,调控白细胞介素、趋化因子、C反应蛋白等炎症标志物的分泌有关。(本文来源于《中国药房》期刊2019年22期）
朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶[2]（2019）在《法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析》一文中研究指出目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值<0.05,|log2Fold Change(FC)|值>1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。(本文来源于《中国优生与遗传杂志》期刊2019年11期）
黄敏于,赵文驱,彭显如,李博厚,袁亚飞[3]（2019）在《基因芯片筛选甲苯二异氰酸酯（TDI）哮喘小鼠差异表达基因》一文中研究指出目的 :甲苯二异氰酸酯(TDI)哮喘为中性粒细胞炎症为主的混合粒细胞哮喘,是哮喘研究中非常重要的研究模型,其发病机制涉及免疫、炎症等多种机制。本研究旨在应用全基因表达谱芯片探讨TDI哮喘小鼠模型差异表达基因,进一步分析可能的通路及靶点。方法:用TDI致敏激发小鼠建立哮喘模型,20只雄性BALB/C小鼠随机分为2组,每组10只。肺组织HE染色等鉴定模型制备成功。取其中代表性样本进行基因芯片检测,芯片数据经质量控制检查,聚类分析等获取差异表达基因,再通过趋势聚类分析、LncRNA靶基因预测、IPA(Ingenuity Pathway Analysis)在线整合分析软件等方法探讨其相应功能和通路,再经定量PCR验证目标基因。结果:按P<0.05差异显着性标准,共筛选出TDI哮喘小鼠与正常对照差异表达1.5倍以上的基因,包括上调589个,下调398个。经代谢途径分析发现这些差异基因主要涉及哺乳动物生物节律调控、细胞因子受体相互作用、IgA分泌免疫调节、细胞间连接、胞外基质受体相互作用、凋亡通路等免疫炎症信号。结论:芯片技术可有效地筛选出TDI哮喘小鼠与正常对照的差异表达基因,对进一步探索哮喘的发病机制、干预或逆转哮喘具有重要意义。(本文来源于《2019全国呼吸毒理与卫生毒理学术研讨会论文集》期刊2019-10-25）
李喆,谭晓虹,王明月,孙洁,柯晴[4]（2019）在《非特指型外周T细胞淋巴瘤基因芯片表达谱GEO数据库挖掘分析》一文中研究指出目的由于低发生率和异质性,非特指型外周T细胞淋巴瘤(PTCL-not otherwise specified,PTCL-NOS)在生物活动过程中很多方面仍然是未知的。本研究基于基因芯片数据采用生物信息学方法,挖掘PTCL-NOS的差异基因和相关信号通路,为进一步研究提供线索。方法从基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库获得2个数据集(GSE6338、GSE58445),采用基因本体论对差异基因进行功能分析。通过蛋白互作网络构建关键基因功能模块,进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。采用Kaplan-Meier生存曲线和Log-rank test法对关键差异基因和临床资料进行生存分析。结果查找出1 058个差异基因,其中上调基因756个,下调基因302个。KEGG通路分析显示,PTCL-NOS与趋化因子、NF-κB、PI3K-Akt、RAS以及细胞周期通路相关,关键差异基因有CDK1、CCNB1、CXCR4、CDC20、CCR1和CXCL12。生存分析显示,CXCL12与总生存率(overall survival,OS)有统计学意义的关联,P=0.018。结论 PTCL-NOS的发病机制可能涉及不同基因和通路,查找出的6个差异基因和5条信号通路可能在其中发挥重要作用。(本文来源于《中华肿瘤防治杂志》期刊2019年19期）
张枥心[5]（2019）在《利用基因芯片技术研究缺氧/复氧条件下抑制miR-132表达对人视网膜微血管内皮细胞中基因表达的影响》一文中研究指出目的本实验旨在利用基因芯片技术研究缺氧/复氧(H/R)条件下抑制miR-132表达对缺氧/复氧条件下人视网膜微血管内皮细胞(HRMEC)中基因表达水平的影响。方法选用HRMEC细胞株,缺氧条件下培养6 h,然后再常氧条件下培养6 h,作为H/R组;在H/R条件下,添加miR-132的抑拮抗剂(anti-miR-132)作为H/R+anti-miR-132组;常氧条件下培养的HRMEC为阴性对照组。提取细胞中mRNA,使用mRNA微阵列(HOA 7.1)芯片检测基因表达,然后采用软件包Rosetta Resolver 7.2进行基因本体(GO)分析。结果①H/R显着上调CDH13、COL17A1、TNC、MMP14的表达,下调TFAP2C、HPGD、IL18的表达,miR-132是上述表达调控中"必需程度"接近100%的中间执行者;②H/R上调了TCF4、CXCL8、ANGPTL4、PLAT、PLAU、THY1、GPC6、COL5A2和VCAN的表达,下调了CEBPA、DCN、 PI3的表达,miR-132是上述表达调控中的中间执行者之一,还存在其他的中间执行者;③通过分子生物功能分析发现IL18、ANGPTL4、PI3与视网膜新生血管(RNV)密切相关,并且COL17A1、MMP14、CXCL8、PLAT、PLAU、THY1、GPC6、VCAN有可能参与RNV。结论通过基因芯片检测发现miR-132介导了H/R对部分基因的调节,其中部分基因有可能参与RNV的发生、发展,为进一步阐明miR-132调节RNV的机制提供研究基础。(本文来源于《中国眼耳鼻喉科杂志》期刊2019年05期）
郜琳,王倩,刘永政[6]（2019）在《基于基因芯片技术研究焦虑抑郁障碍对女性高血压患者基因表达谱的影响》一文中研究指出根据世界卫生组织的数据,全球大约叁分之一的成年人伴有血压升高,其中一半的人将罹患中风或心脏疾病[1]。随着经济的高速发展,社会节奏不断加快,越来越多的人患有焦虑抑郁障碍(ADC)等精神疾病。研究表明,ADC与多种疾病的发生发展密切相关[2]。流行性病学调查表明,焦虑使非高血(本文来源于《中国实验诊断学》期刊2019年07期）
江勇,钱叶本,陈朋,朱良[7]（2019）在《基因芯片筛选肝细胞性肝癌的差异表达基因和通路》一文中研究指出目的 通过基因芯片和生物信息学的分析方法,筛选与肝癌发病相关的差异表达基因和通路,为进一步研究肝癌发生发展过程中的相关机制提供依据。方法 收集2对肝癌组织和对应的癌旁组织,提取总RNA,并与基因芯片行杂交检测,分析得到差异表达基因。使用DAVID数据库,对差异基因行GO功能注释和KEGG富集分析;应用String蛋白互作数据库分析差异表达基因的蛋白互作关系,构建蛋白互作网络并通过Cytoscape行可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因,最后结合TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库中肝癌基因表达数据,初步探究核心基因在肝癌中的表达情况。结果 按设定的标准,共筛选得到4 324个差异表达基因,上调表达的有2 552个,下调表达的有1 772个。GO分析显示差异基因主要参与血小板衍生生长因子结合、受体抑制剂和拮抗剂活性等相关的分子功能;KEGG富集分析提示这些基因与TGF-β、Rap1、PI3K-Akt以及趋化因子等信号通路相关。蛋白互作网络分析筛选得到6个核心基因,TCGA数据库验证发现核心基因DCN、COL1A1和COL1A2在肝癌组织中的表达存在显着差异(P<0.000 1)。结论 GO功能注释和KEGG富集分析揭示了肝癌潜在的发病机制,核心基因为肝癌的研究提供新方向,有可能成为肝癌诊断和治疗的潜在靶点。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2019年08期）
桑平,李高峰,李雪鹏,张季铠[8]（2019）在《应用基因芯片技术研究硫酸氨基葡萄糖对骨性关节炎相关炎性基因表达谱的影响》一文中研究指出目的利用基因表达谱芯片技术对硫酸氨基葡萄糖作用于骨性关节炎关节软骨胶原酶和磷脂酶A2基因表达谱的改变进行研究,为硫酸氨基葡萄糖的作用机制提供基因学证据,并验证基因芯片技术检测胶原酶和磷脂酶A2基因表达差异的可靠性。方法收集9例软骨样本,其中正常膝关节软骨样本3例,6例来源于髋关节骨性关节炎关节置换软骨样本,体外分离培养组织样本。将每株细胞分为正常对照组、炎症对照组(炎症介质刺激)、药物干预组(硫酸氨基葡萄糖+炎症介质)。行基因芯片杂交,并进行芯片扫描和数据分析,分别对比正常对照组与炎症对照组、炎症对照组与药物干预组,筛查出细胞样本中与前列腺素E2代谢相关表达有差异的基因,并对胶原酶和磷脂酶A2基因筛查结果进行验证。结果细胞株样本的炎症对照组与药物干预对照组筛选出共同的差异表达基因143条,其中与前列腺素E2及磷脂酶A2、胶原酶代谢有关的差异表达基因PTGS1基因上调,CXCL13、TNFSF17、PTGS2、PTGES表达下调。通过酶联免疫吸附剂测定及反转录聚合酶链反应验证炎症介质能激活前列腺素E2的表达,进而促进软骨分解代谢中胶原酶和磷脂酶A2的异常表达趋势;而硫酸氨基葡萄糖能够抑制胶原酶和磷脂酶A2的表达,抑制前列腺素E2表达。结论炎症介质能激活前列腺素E2的表达,促进关节软骨炎症的发生及关节软骨细胞的分解代谢;硫酸氨基葡萄糖抑制磷脂酶A2和胶原酶活性,减少前列腺素E2生成的同时,能够调节前列腺素E2基因的表达,从而起到对抗炎症保护关节软骨作用。(本文来源于《中国实验诊断学》期刊2019年06期）
张海涛,林文勇,解曼曼,王肖龙,王英杰[9]（2019）在《冠心病患者外周血外泌体中microRNA基因芯片的差异性表达》一文中研究指出目的:通过基因芯片筛选并分析健康成年人与急性ST段抬高型心肌梗死(STEMI)患者、稳定型心绞痛(SA)患者外周血外泌体中microRNA的表达差异,寻找临床诊断和治疗冠心病的新靶点。方法:入选STEMI患者、SA患者和健康成年人各3例,采集受试者静脉血,通过超高速离心法提取血清中的外泌体,运用基因芯片技术对外泌体中的microRNA进行测序。两两对比,从中筛选出差异性表达的microRNA,对差异性表达的microRNA的靶基因进行GO功能富集分析和KEGG Pathway富集分析。结果:STEMI组、SA组和健康组外周血中外泌体所含有的microRNA表达有明显差异。SA组与健康组对比,miR-5195-3p、miR-328、miR-130a-3p上调表达差异较明显[FC(abs)>2];SA组与STEMI组对比,miR-483-3p下调表达差异较明显[FC(abs)>2];STEMI组与健康组对比,miR-4787-3p、miR-423-5p、miR-151b上调表达差异较明显[FC(abs)>2],miR-140-3p、miR-29a-3p、miR-765、miR-939-5p下调表达较明显[FC(abs)>2]。结论:STEMI患者、SA患者和健康成年人外周血中外泌体所含有的microRNA表达有显着差异,其中部分特异性的microRNA与心血管疾病的发生发展有着密切的关系,可以作为冠心病诊断和治疗的新靶标。(本文来源于《临床心血管病杂志》期刊2019年06期）
姚立帅[10]（2019）在《应用基因芯片技术研究非小细胞肺癌circRNAs表达谱特征》一文中研究指出第一章应用微阵列芯片技术筛选非小细胞肺癌的circRNAs表达谱研究目的应用circRNAs微阵列芯片技术检测非小细胞肺癌组织和邻近正常上皮组织差异表达的circRNAs,初步建立非小细胞肺癌的circRNAs表达谱。方法收集3例在南方医科大学珠江医院行手术治疗的非小细胞肺癌患者的肺癌组织和邻近正常上皮组织,使用Trizol(lInvitrogen)法提取组织总RNA。使用紫外分光光度计检测RNA的浓度和纯度,通过甲醛变色凝胶电泳检测RNA完整性。抽提的RNA通过质检后,扩增富集的circRNAs并转录成荧光cRNA。纯化标记的cRNA。测量标记的cRNA的浓度和比活性。标记完成后,制备50μl杂交溶液并分配到垫片载玻片中并组装到circRNAs表达微阵列载玻片上,芯片杂交完成后洗涤,使用Axon GenePix4000B进行图像扫描,提取探针的信号值,用T检验来确定差异表达基因的显着性(p<0.05)。使用Fold change和P-value筛选两组样品间的差异表达circRNAs。结果总RNA质量鉴定结果:总RNA质量鉴定结果:A260/A280比值均接近2.0,A260/A230比值均大于1.8,表明所有组织标本的总RNA质量可靠,没有降解或其它杂质污染,如DNA、蛋白质等,可进行后续的微阵列芯片等实验。circRNAs微阵列芯片筛选结果表明,与正常肺上皮组织相比,非小细胞肺癌表达上调超过2倍的circRNAs有103个,表达下调超过2倍的有81个(p<0.05)。兙结论非小细胞肺癌及邻近正常的肺上皮组织之间存在显着差异表达的circRNAs,这些显着差异表达的circRNAs可能与非小细胞肺癌的发病、疾病的发生发展密切相关。第二章差异表达circRNAs的靶基因预测和通路分析研究目的运用生物学信息软件预测circRNAs靶基因,初步探究circRNAs对非小细胞肺癌的发生发展的影响机制方法依据Fold Change值、P值、原始信号值等选出了八个较为理想的circRNAs进行靶基因预测,然后采用基于Targetscan、miRTarBase、miRDB、MicroRNA.org靶基因预测数据库建立的预测软件分析显着差异表达的circRNAs与非小细胞肺癌基因之间的关系。结果选出的八个显着表达差异的circRNAs靶基因预测结果,每个circRNAs根据预测软件中的相关基因互补关系。结论miRNA基因海绵是已知的最普遍的circRNAs发挥功能的途径之一,根据预测的这些靶基因,分析circRNAs通过影响miRNA来参与非小细胞肺癌的发生和发展。第叁章应用实时荧光定量PCR技术验证非小细胞肺癌组织中差异表达的circRNAs研究目的对通过微阵列芯片实验获得的且于非小细胞肺癌相关基因互补关系的差异表达的circRNAs,我们在非小细胞肺癌标本与内参上应用实时荧光定量PCR技术进行进一步验证。方法选取2016年11月至2017年3月在南方医科大学珠江医院胸心外科肺癌根治术的患者,共3例,根据这些患者所提供的组织标本进行qRT-PCR验证,标本的取材及保存方法同第一章。按照操作说明使用样品的RNA进行cDNA合成、荧光定量PCR。结果qRT-PCR证实:circRNAs-453相对表达水平低于内参,差异具有统计学意义(p=0.03548<0.05);circRNAs-60461相对表达水平高于内参,差异具有统计学意义(p=0.00336<0.05);circRNAs-86694相对表达水平高于内参,差异具有统计学意义(p=0.01498<0.05)。结论circRNAs芯片筛选结果和实时荧光定量PCR验证结果几本一致,证实了非小细胞肺癌和正常肺上皮组织间确实存在异常表达的circRNAs,而我们筛选出并且验证过的circRNAs-60461和circRNAs-86694很有可能与非小细胞肺癌的发病有关系。circRNAs-60461和circRNAs-86694的异常表达和非小细胞肺癌的发生发展可能相关,探讨circRNAs-60461和circRNAs-86694的功能对我们下一步的生物功能实验和动物实验都奠定了良好的基础,提供了新的思路和平台。(本文来源于《南方医科大学》期刊2019-05-01）
表达谱基因芯片论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值<0.05,|log2Fold Change(FC)|值>1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
表达谱基因芯片论文参考文献
[1].施洋,樊官伟,候宝林,樊登峰,张伟.采用基因芯片技术研究丹红注射液对急性心肌梗死模型大鼠基因表达谱的影响[J].中国药房.2019
[2].朱雨捷,朱湘玉,顾雷雷,张颖,倪梦瑶.法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析[J].中国优生与遗传杂志.2019
[3].黄敏于,赵文驱,彭显如,李博厚,袁亚飞.基因芯片筛选甲苯二异氰酸酯（TDI）哮喘小鼠差异表达基因[C].2019全国呼吸毒理与卫生毒理学术研讨会论文集.2019
[4].李喆,谭晓虹,王明月,孙洁,柯晴.非特指型外周T细胞淋巴瘤基因芯片表达谱GEO数据库挖掘分析[J].中华肿瘤防治杂志.2019
[5].张枥心.利用基因芯片技术研究缺氧/复氧条件下抑制miR-132表达对人视网膜微血管内皮细胞中基因表达的影响[J].中国眼耳鼻喉科杂志.2019
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[8].桑平,李高峰,李雪鹏,张季铠.应用基因芯片技术研究硫酸氨基葡萄糖对骨性关节炎相关炎性基因表达谱的影响[J].中国实验诊断学.2019
[9].张海涛,林文勇,解曼曼,王肖龙,王英杰.冠心病患者外周血外泌体中microRNA基因芯片的差异性表达[J].临床心血管病杂志.2019
[10].姚立帅.应用基因芯片技术研究非小细胞肺癌circRNAs表达谱特征[D].南方医科大学.2019
论文知识图
