基于糜子BAC文库测序法的unmapped reads分析及线粒体基因组组装

论文摘要

测序技术的飞速发展,让我们能够从基因组的角度对物种进行研究。通常在处理高通量测序数据的第一步是将得到的测序数据与参考基因组进行比对,提取匹配的数据进行后续分析,不匹配(unmapped reads)的数据则被忽略。而在这些unmapped reads中却包含有一些重要的生物学信息,如参考基因组缺失序列、物种特异性序列或样品中含有的污染序列等。本文利用基于BAC文库混合池测序法,通过对糜子(Panicum miliaceum L.)基因组测序数据中的unmapped reads进行组装,总共鉴定得到了135条缺失序列和64条特异性序列以及一些样品污染序列。线粒体基因组作为植物遗传信息不可或缺的一部分,在系统进化和基因工程等领域发挥着重要作用。糜子,作为一种重要的古老农作物,进行线粒体基因组组装和分析,对完善其基因组信息具有重要的意义。目前糜子的线粒体基因组数据还没有被发表,本研究结合第二代和第三代DNA测序数据,通过采用迭代循环组装的方法得到了长度为484522bp、GC含量为43.76%的糜子线粒体基因组的核心序列。通过基因注释分析,发现基因间区在糜子线粒体基因组中占比较大,达到79.22%;编码区只占20.78%,含71个编码基因。进行密码子偏好性分析,发现其密码子的偏性较弱,自然选择压力和突变共同影响密码子偏好性。通过对蛋白编码区密码子进行的分析,得到了10个最优密码子。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 缩略语表
• 第一章 基于BAC文库测序的糜子Unmapped Reads分析
•   1.1 前言
•     1.1.1 第一代测序技术简介
•     1.1.2 第二代测序技术简介
•     1.1.3 第三代测序技术简介
•   1.2 第二代基因组测序数据中Unmapped Reads的研究
•   1.3 糜子全基因组数据及其Unmapped Reads研究
•   1.4 糜子Unmapped Reads分析材料与方法
•     1.4.1 实验材料
•     1.4.2 实验方法
•   1.5 结果与分析
•     1.5.1 本实验糜子特异性序列分析
•     1.5.2 中国农业大学糜子全基因组测序数据中Unmapped Reads分析
•     1.5.3 中科院糜子全基因组测序数据中Unmapped Reads分析
•     1.5.4 本实验室糜子基因组特异性序列特征和基因预测
•   1.6 讨论
• 第二章 糜子线粒体基因组组装
•   2.1 前言
•     2.1.1 植物线粒体基因组基本特征
•     2.1.2 植物线粒体基因组组装策略
•     2.1.3 植物线粒体基因组研究现状
•   2.2 研究问题由来
•   2.3 实验数据和方法
•     2.3.1 实验数据
•     2.3.2 实验方法
•   2.4 结果与分析
•     2.4.1 糜子线粒体基因组组装结果
•     2.4.2 糜子线粒体基因组注释结果
•     2.4.3 密码子偏好性分析结果
•   2.5 讨论
• 参考文献
• 附录
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 梁孟杰

导师: 罗美中

关键词: 糜子,非匹配数据,文库,线粒体,迭代组装,密码子偏好性,最优密码子

来源: 华中农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,生物学,农作物

单位: 华中农业大学

分类号: Q943.2;S516

DOI: 10.27158/d.cnki.ghznu.2019.000456

总页数: 83

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