漠河冻土区微生物Sphingomonas floccifaciens sp.nov.及赤水河微生物Rhodoferax bucti sp.nov.多相分类学研究

论文摘要

本课题的研究主要包括两个部分,分别是对漠河冻土区和赤水河分离的两株新种微生物的多相分类学研究,通过菌株的基因型,表型,化学分析等确定其分类学地位。从中国漠河多年冻土地区的地下沉积物样品中,分离出一株革兰氏阴性菌,命名为菌株FQM01T,该菌株无运动性,无孢子,呈杆状橙色。菌株FQM01T的最佳培养条件为25℃,pH 7.0和NaCl浓度0-0.5%（w/v）。根据16S rRNA序列的分析比对表明菌株FQM01T属于鞘氨醇单胞菌属。最接近的系统发育相关的是Sphingomonas spermidinifaciens GDMCC 1.657T（97.6%）,其次是Sphingomona smucosissima DSM 17494T（97.2%）。FQM01的DNA G+C含量为66.9 mol%（HPLC）。菌株FQM01T主要的泛醌为 Q-10,并且 C18:1 ω6c 和/或 C18:1 ω7c,C16:1 ω6c 和/或 C16:1 ω7c,C16:0和C14:0 2-OH作为主要脂肪酸。主要的极性脂质是磷脂酰甘油（PG）,二磷脂酰甘油（DPG）,磷脂酰乙醇胺（PE）,磷脂酰胆碱（PC）,神经鞘糖脂（SGL）和未鉴定的糖脂（GL）,并且检测到sym-homospermidine作为多胺。根据基因型,生理生化和化学分析等特点,菌株FQM01T被认定为 Sphingomonas 属新种,命名为 Sphingomonas floccifaciens sp.nov.。模式菌株 FQM01T（=CGMCC 1.15797T=KCTC 52630T）。从中国贵州茅台镇的赤水河采集的水样中,分离出一株革兰氏阴性菌,命名为GSA243T,该菌无色,呈棒状,好氧,无运动性,基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株GSA243T是Rhodoferax属的成员,与 Rhodoferaxsaidenbachensis,Curvibacterfontanus 和 Polaromonas jejuensis的成员最密切相关,具有96.64-98.35%的序列相似性。主要脂肪酸是C16:0和C16:1 ω6c和/或C16:1 ω7c。主要的呼吸醌是泛醌Q-8,主要的极性脂质是磷脂酰乙醇胺。DNA G+C含量为62.2 mol%。根据基因型,生理生化和化学分析等特点,菌株GSA243T被认为代表了Comamonadaceae科中的Rhodoferax属的新物种,其名称为 Rhodoferax bucti sp.nov.模式菌株 GSA243T（=CGMCC 1.16287T=KCTC 62564T）。

论文目录

• 学位论文数据集
• 摘要
• abstract
• 第一章 绪论
•   1.1 微生物的多样性研究
•     1.1.1 培养方法和非培养方法
•     1.1.2 宏基因组学
•   1.2 微生物的多相分类研究
•   1.3 漠河地区、赤水河地区及Sphingomonas属和Rhodoferax属的简介
•     1.3.1 漠河冻土区简介
•     1.3.2 赤水河简介
•     1.3.3 Sphingomonas属和Rhodoferax属的简介
• 第二章 漠河冻土区微生物Sphingomonas floccifaciens的多相分类学研究
•   2.1 引言
•   2.2 实验材料
•   2.3 实验方法
•     2.3.1 菌株的活化
•     2.3.2 FQM01的初步鉴定
•     2.3.3 FQM01基因的克隆
•     2.3.4 FQM01系统发育树的建立及标准株的选取
•     2.3.5 G+C含量的测定
•     2.3.6 FQM01最适培养条件的确定
•     2.3.7 FQM01化学成分的分析
•     2.3.8 FQM01生理生化性质的测定
•     2.3.9 FQM01菌株的命名与保藏
•   2.4 结果与讨论
•     2.4.1 FQM01的比对结果和系统发育树分析
•     2.4.2 （G+C） mol%含量结果分析
•     2.4.3 FQM01的表型特征分析鉴定结果
•     2.4.4 生理生化特征分析
•     2.4.5 生化特征的分类分析结果
•   2.5 本章小结
• 第三章 赤水河地区微生物Rhodoferax bucti sp.nov.多相分类学研究
•   3.1 引言
•   3.2 实验材料
•   3.3 试验方法
•     3.3.1 赤水河疑似新种GSA243的分离
•     3.3.2 GSA243的初步鉴定
•     3.3.3 GSA243系统发育树的建立
•     3.3.4 （G+C） mol%含量的测定
•     3.3.5 GSA243表型特征的分析
•     3.3.6 GSA243化学成分的分析
•     3.3.7 GSA243试剂盒的测定
•     3.3.8 菌株的命名与保存
•   3.4 实验结果与分析
•     3.4.1 菌株GSA243的初步鉴定
•     3.4.2 （G+C）mol%含量结果分析
•     3.4.3 GSA 243表型结果的分析
•     3.4.4 化学成分结果分析
•     3.4.5 GSA243生理生化特征分析
•   3.5 本章小结
• 第四章 结论与展望
•   4.1 结论
•   4.2 展望
• 参考文献
• 附录
•   一、实验仪器
•   二、实验药品
•   三、培养基配方（体系:1000 mL）
• 致谢
• 研究成果及发表的学术论文
• 作者和导师简介
• 附件

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 范秋明

导师: 吕杰

关键词: 新种鉴定,漠河冻土区,赤水河,多相分类学

来源: 北京化工大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 北京化工大学

分类号: Q939

DOI: 10.26939/d.cnki.gbhgu.2019.000572

总页数: 90

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