导读:本文包含了岛甲基子表型论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:结直肠癌,CpG岛甲基化表型,微卫星不稳定,错配修复基因
岛甲基子表型论文文献综述
矣金华[1]（2016）在《结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）与错配修复基因表达缺失相关性研究》一文中研究指出[目的]结直肠癌CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype, CIMP)是一类基因组中有高比例的基因发生了DNA甲基化的结直肠癌类型。研究发现CIMP型结直肠癌的致病机理及其在治疗上的反应和预后效果都与其它类型的结直肠癌存在很大差异,因此,研究CIMP具有重要的科学和临床意义。目前发现CIMP型结直肠癌与微卫星不稳定、BRAF和KARS基因突变等分子特征密切相关。微卫星是DNA中的1-6个碱基组成的简单重复序列,这些序列在DNA复制时很容易发生错配或重组错误,正常情况下由MMR (DNA mismatch repair, MMR)修复,保持微卫星的稳定性,当MMR系统异常时,这些复制错误得不到修复,会导致微卫星重复序列发生增加或者减少,也就是微卫星不稳定(microsatellite instability, MSI)。也就是说MSI通常是由MMR的功能异常所导致的。MMR主要包含四个基因：MLH1, MSH2, MSH6和PMS2。这四个基因中的任何一个发生表达缺失都会导致MMR的功能异常。既然前人的研究显示CIMP与MSI具有显着相关性,而MSI通常又是由MMR功能异常所导致的,因此我们推测MMR系统基因的表达缺失与CIMP也应具有相关性。本研究将通过免疫组化方法检测四个错配修复基因在结直肠癌中的表达情况,同时用Methylight方法确定哪些结直肠癌属于CIMP类型,然后通过统计分析确定四个错配修复基因的表达缺失与CIMP是否具有相关性,为CIMP型结直肠癌的发病机理研究和临床治疗提供科学依据。[方法]收集在2014年4月到2015年12月期间昆明医科大学第一附属医院切除的结直肠癌组织标本,将样本提取DNA后,经过亚硫酸盐转化处理,运用Methylight方法检测结直肠癌患者的癌组织中CACNA1G、NEUROG1、IGF2、 RUNX3和SOCS1这5个CIMP鉴定基因,然后根据这五个标记基因中有≥3个标记发生甲基化为判定CIMP阳性的标准,对结直肠癌样本进行CIMP分型。然后用免疫组织化学方法检测结直肠癌样本中错配修复基因MLH1、PMS2、MSH2、MSH6的表达情况,最后用统计学方法分析错配修复基因的表达情况与CIMP型结直肠癌的相关性。[结果](1) CIMP分型结果本研究共检测了216例结直肠癌的CIMP状态,其中结肠癌共96例,直肠癌共120例,在所有结直肠癌共鉴定出CIMP阳性27例(12.5%),阴性189例(87.6%)；结肠癌中阳性16例(16.6%),阴性80例(74.4%)；直肠癌中阳性11例(9.2%),阴性109例(90.8%)。(2)MMR基因表达缺失情况共检测了MLH1、PMS2、MSH2、MSH6四个MMR基因表达缺失情况：MLH1:所有结直肠癌中检测出MLHl基因表达缺失44例(20.4%),表达正常172例(79.6%)；结肠癌中检测出MLH1基因表达缺失27例(28.1%),表达正常69例(71.8%);直肠癌中检测出MLH1基因表达缺失17例(14.2%),表达正常103例(85.8%),在直肠癌和结肠癌中表达缺失有统计学差异(P=0.017,结肠癌MLH1蛋白表达缺失为28.1%,直肠癌为14.2%)。PMS2：所有结直肠癌中检测出PMS2基因表达缺失103例(47.7%),表达正常113例(52.3%)；结肠癌中检测出PMS2基因表达缺失47例(49.0%),表达正常49例(51.0%);直肠癌中检测出PMS2基因表达缺失56例(46.7%),表达正常64例(53.3%)：MSH2：所有结直肠癌中检测出MSH2基因表达缺失12例(5.6%),表达正常204例(94.4%)；结肠癌中检测出MSH2基因表达缺失6例(6.2%),表达正常90例(93.8%);直肠癌中检测出MSH2基因表达缺失6例(5%),表达正常114例(95.0%),在直肠癌和结肠癌中表达缺失无统计学差异(P>0.05);MSH6：所有结直肠癌中检测出MSH6基因表达缺失8例(3.7%),表达正常208例(92.3%)；结肠癌中检测出MSH6基因表达缺失6例(6.3%),表达正常90例(93.7%);直肠癌中检测出MSH6基因表达缺失2例(1.7%),表达正常118例(98.3%),在直肠癌和结肠癌中表达缺失无统计学差异(P>0.05);dMMR:在CRC中dMMR发生率为51.9%(112216),RC中发生率为49.2%(53120),CC中发生率为55.2%(5396)。(3)CIMP与临床病理特征相关性分析CIMP型结直肠癌与年龄、性别、发病位置、分化程度、分期及组织类型等临床资料之间的关系。在所有结直肠癌中,CIMP型结直肠癌与年龄(P=0.021,CIMP型结直肠癌患者<60岁占66.7%,非CIMP型结直肠癌患者<60岁占41.4%)、分化程度(P=0.049,CIMP型结直肠癌患者低分化肿瘤占18.5%,非CIMP型结直肠癌患者低分化肿瘤占6.3%)有相关性,与肿瘤部位(P=0.000,CIMP型结直肠癌患者近端肿瘤占44.4%,非CIMP型结直肠癌患者近端肿瘤占9%)有显着相关性；在直肠癌中,CIMP与性别有相关性(P=0.021,CIMP型直肠癌患者女性占72.7%,非CIMP型直肠癌患者女性占30.3%),在结肠癌中与年龄、性别、发病位置、分化程度、分期及组织类型等临床病理特征无相关性(p>0.05)。(4)MMR与临床病理特征相关性4种MMR基因表达缺失与临床病理特征相关性分析发现,在所有结直肠癌中PMS2基因表达缺失与肿瘤部位(P=0.037,近端肿瘤PMS2基因表达缺失率为30.1%,远端肿瘤PMS2基因表达缺失率为69.9%)和肿瘤分化程度(P=0.021,低分化肿瘤PMS2基因表达缺失率为12.6%,高-中分化肿瘤PMS2基因表达缺失率为85.4%)有相关性；所有结直肠癌MLH1基因表达缺失与肿瘤部位(P=0.016,近端肿瘤MLH1基因表达缺失率为38.6%,远端肿瘤MLH1基因表达缺失率为61.4%)有相关性；分析dMMR与临床病理特征相关性,发现CRC中dMMR与肿瘤部位为(P=0.037,近端肿瘤dMMR发生率为29.5%,远端肿瘤dMMR发生率为70.5%)和分化程度(P=0.044,中-高分化肿瘤dMMR发生率为86.6%,低分化肿瘤dMMR发生率为11.6%)有相关性,与性别、年龄、肿瘤大小、TNM分期、肿瘤类型无相关性(P>0.05),在RC和CC中,dMMR与年龄、性别、发病位置、分化程度、分期及组织类型等临床病理特征无相关性(p>0.05)。(5)MMR与CIMP型肿瘤相关性分析发现,在所有结直肠癌中,4种MMR基因表达缺失和dMMR与CIMP分型(p>0.05)无相关性,在直肠癌中CIMP分型与4种MMR基因表达缺失以及dMMR(p>0.05)无相关性,而在结肠癌中CIMP分型与PMS2基因表达缺失(P=0.029,CIMP型结肠癌患者PMS2基因表达缺失率为75%,非CIMP型结肠癌患者PMS2基因表达缺失率为43.8%)有相关性,与MLH1、MSH2、MSH6基因表达缺失以及dMMR无相关性(p>0.05)。(6)比较RC和CC的分子特征统计分析发现RC和CC的MLH1基因表达缺失(P=0.017,RC中MLH1基因表达缺失率为14.2%,在CC中MLH1基因表达缺失率为28.1%)有统计学差异,PMS2、MSH以及MSH6基因表达缺失无统计学差异,CIMP分型也无统计学差异。[结论]通过对CIMP型结直肠癌与4种MMR基因表达缺失情况的分析,发现CIMP型结肠癌与PMS2基因表达缺失密切相关,与MLH1、MSH2、MSH6基因表达缺失无相关；而CIMP型直肠癌与4种MMR基因表达缺失无相关性,结肠癌和直肠癌在分子水平上的差异性可能提示其致病机制上可能存在差异,因此,今后科研和临床研究CIMP型结直肠癌需要将直肠癌和结肠癌分别进行研究。(本文来源于《昆明医科大学》期刊2016-05-01）
矣金华,刘江,王昆华[2]（2016）在《结直肠癌CpG岛甲基化表型的研究进展》一文中研究指出结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的恶性肿瘤之一,是由遗传学和表观遗传学改变逐渐积累导致的.随着一类被称为"CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype,CIMP)"的CRC被发现,表观遗传学修饰在CRC发病中的作用就受到了越来越多的重视.CIMP是一类基因组中有高比例的基因启动子区发生了DNA高甲基化的CRC.目前研究显示CIMP具有多个分子水平的特征,而且CIMP与多个临床特征显着相关,但是还不清楚CIMP的具体致病原因和发病机制.CIMP在治疗上的预后和反应与其他CRC存在很大差异,但是目前没有被广泛认可的鉴定CIMP的生物标记,从而阻止了CIMP用于指导临床上CRC的个体化治疗.(本文来源于《世界华人消化杂志》期刊2016年04期）
韩梅,史冬涛,曹健,田文妍,张洪涛[3]（2015）在《胃癌3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型研究》一文中研究指出背景:3号染色体短臂(3p)抑癌基因CpG岛甲基化表型(CIMP)涉及的甲基化异常见于多种类型的癌症中,但与胃癌的关系迄今仍未阐明。目的:研究胃癌中3p抑癌基因启动子区CIMP的临床意义。方法:采用甲基化特异性PCR(MSP)法检测100例胃癌组织及其对应癌旁组织中hOGG1、VHL、RAR-B、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU和FHIT共8个抑癌基因启动子区CpG岛甲基化状态。以每份样本中含有4个及以上甲基化基因定义为高CIMP水平(CIMP-H)。分析CIMP-H与胃癌临床病理特征的关系。结果:胃癌组织中VHL(P=0.030)、hMLH1(P<0.001)、SEMA3B(P=0.003)、RASSF1A(P<0.001)和FHIT(P<0.001)基因甲基化阳性率显着高于癌旁组织。胃癌组织和对应癌旁组织中CIMP-H发生率分别为44.0%和4.0%,差异有统计学意义(P<0.001)。胃癌组织CIMP-H与肿瘤分化程度呈显着负相关(P=0.004),与淋巴结转移呈显着正相关(P=0.005),而与性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤直径、浸润深度和TNM分期均无关(P>0.05)。结论:3p CIMP异常状态可能在胃癌形成早期已发生,并影响肿瘤分化,导致淋巴结转移。(本文来源于《胃肠病学》期刊2015年10期）
洪永刚,颜宏利,田兆峰,吴康,郝立强[4]（2015）在《利用微滴数字PCR进行CpG岛甲基化表型结直肠癌分子分型》一文中研究指出目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者216例,抽提肿瘤组织DNA和血浆游离DNA,重亚硫酸盐处理后,利用DD-PCR进行CIMP分型。CIMP分型选用CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3、SOCS1五个基因的甲基化位点,利用免疫组织化学技术(IHC)检测P53突变情况,以巢式PCR测序方法检测K-RAS和BRAF突变。结果:216例肿瘤中17例(7.9%)存在BRAF突变,96例(44.4%)存在K-RAS突变和112例(51.9%)P53-IHC(+)。31.5%(68/216)的结直肠癌为CIMP(+)(5个基因位点中高甲基化位点数目≥3),82.3%(14/17)的BRAF突变属于CIMP(+),而只有9.4%(9/96)的K-RAS突变和7.1%(8/112)的P53突变属于CIMP(+)。除了K-RAS,BRAF和P53突变外,同CIMP(-)结直肠癌相比,CIMP(+)肿瘤还具有独特的临床病理特征:肿瘤更易发生在结直肠的近端位置,黏液性癌比例偏高,分化程度较高,CIMP(+)患者生存时间显着短于CIMP(-)患者。利用血浆游离DNA进行分型和利用肿瘤组织进行分型的一致性为93.4%、灵敏度为87.2%、特异性为100%。结论:CIMP(+)结直肠癌具有独特的临床病理特征,且预后较差;在缺乏肿瘤组织的情况下,利用DD-PCR对血浆游离DNA进行CIMP分型是可行的。(本文来源于《中国肿瘤生物治疗杂志》期刊2015年04期）
吴康,孙小波,李艳艳,李亚周,邓安梅[5]（2015）在《CpG岛甲基化表型肺癌的分型标记及临床病理特征》一文中研究指出目的比较新的Cp G岛甲基化表型(CIMP)筛选标记基因和经典CIMP筛选标记基因在CIMP肺癌筛选中的作用,并分析CIMP肺癌的临床病理特征。方法取第二军医大学长海医院呼吸科50例肺癌患者的肺癌组织和癌旁组织,提取DNA,进行甲基化转换后,利用甲基化特异性PCR(MSP)对新的CIMP筛选标记基因(SHISA3、CTSL1、C1ORF103和TMEM200B)和经典的CIMP筛选标记基因(CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3)的启动子Cp G岛区域进行扩增,采用琼脂糖凝胶电泳分析其甲基化状态。运用SPSS统计软件对结果进行统计分析。结果肺癌组织发生明显的甲基化,所研究的8个基因甲基化水平均明显高于癌旁组织(P=0.014)。其中RUNX3甲基化与淋巴结转移及功能状态(PS)评分有关(P值分别为0.017、0.018)。年龄>60岁的肺癌患者甲基化率高于≤60岁者(P=0.031)。吸烟对CTSL1基因甲基化的影响也很大(P=0.018)。结论 Cp G岛甲基化表型肺癌具有独特的临床病理特征;新的和经典的甲基化基因组合在CIMP肺癌筛选上都具有较高的灵敏度和特异性。(本文来源于《第二军医大学学报》期刊2015年05期）
李奎[6]（2015）在《中国人群中的结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）分析》一文中研究指出目的 CpG岛甲基化表型(CpG Island Methylator Phenotype, CIMP)是一种具有不同临床特征和分子特征的结直肠癌类型,其涉及到多个基因位点的同时甲基化。近些年的研究普遍认为CIMP在包括结直肠癌在内的许多恶性肿瘤的发生发展机制中都起到了重要作用,并且其与结直肠癌许多临床病理特征密切相关。因此,对CIMP进行深入研究,探讨其在肿瘤发生发展中的机制,对结直肠癌患者的早期诊断和治疗以及改善预后有非常重要的意义。目前对欧美发达国家人群中结直肠癌的CIMP开展了较多的研究,由于选择的技术方法和检测基因的不同,CIMP的检出率被认为是在17%-30%左右；且CIMP阳性的结直肠肿瘤高发于近端结肠,高龄和女性患者中,组织类型分化倾向不明显。而目前对中国人群结直肠癌中的CIMP研究较少,其检出率以及其与中国人群结直肠癌病理特征关系的相关报道依然很有限。因此开展对较大样本的中国人群的结直肠癌CIMP的研究是很有必要的。有学者在对CIMP的研究中发现荧光实时定量PCR能快速、准确的检测CIMP,并提出了以五个基因(CACNA1G, CDKN2A, CRABP1, MLH1,以及NEUROG1)的甲基化状态作为检测CIMP的生物标记。本次研究旨在通过荧光实时定量PCR来检测结直肠癌组织中CACNA1G, CDKN2A, CRABP1, MLH1和NEUROG1这五个基因的甲基化状态,判断中国人群散发性结直肠癌样本中的CpG岛甲基化表型(CIMP)的阳性率,并研究其与结直肠癌各临床病理特征之间的关系,比较中国人群中CIMP的发生率与国外人群的差异,进一步探讨CpG岛甲基化表型发生发展的相关机制,以便于更加深入的研究CIMP在肿瘤发病机制中起的作用,为中国人群中结直肠癌的个体化治疗提供科学依据。方法 采用基于荧光的实时定量PCR技术,对100例结直肠癌粘膜组织细胞DNA中的CACNAIG, CDKN2A, CRABP1, MLH1,以及NEUROG1五个基因位点进行甲基化状态的检测,判断其CpG岛甲基化表型(CIMP)的阳性率以及CIMP与结直肠癌临床病理特征的关系。使用SPSS 17.0统计软件分析数据结果,采用卡方检验分析方法进行统计学分析。结果1.当我们定义有大于等于3个基因位点甲基化为CpG岛甲基化表型(CIMP)的时候,100例肿瘤细胞中有51例为CIMP,阳性率为51%。2.在结直肠癌组织细胞中, CIMP与肿瘤组织高中低分化类型有密切相关性,差异有统计学意义(P<0.05),而与性别、年龄、肿瘤位置、肿瘤TNM分期、侵润深度、粘液性癌或腺瘤与否、区域淋巴结转移、神经侵犯、脉管侵犯、远处转移无明显相关性(P>0.05)。结论1.使用荧光实时定量PCR能够快速、准确的对组织DNA进行CpG岛甲基化表型的检测。2.对上面提到的5个基因位点甲基化状态的检测发现,这100例中国人群结直肠癌组织中的CpG岛甲基化表型阳性率(51%)明显高于以往的研究中使用相同检测技术和基因的西方国家人群的阳性率(17%)。提示中国人群可能具有较高的结直肠癌CIMP阳性率。3.中国人群中具有CpG岛甲基化表型的散发性结直肠癌具有好发于低分化腺癌的特点。未发现CIMP与性别、年龄、肿瘤位置、肿瘤TNM分期、侵润深度、粘液腺癌或腺瘤与否、区域淋巴结转移、神经侵犯、脉管侵犯、远处转移有关。这点与对西方国家人群的相似研究得出的结果“拥有CIMP的结直肠癌多见于女性”有较大差异,提示中国人群中CIMP阳性的结直肠癌可能拥有独特的临床病理特征。(本文来源于《昆明医科大学》期刊2015-05-01）
张同[7]（2015）在《结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）的鉴定方法评估与改进》一文中研究指出目的：结直肠癌CpG岛甲基化表型(CpG Island methylator phenotype, CIMP)是结直肠癌分子分型中的类型之一,它是指基因组中有高比例的基因发生了DNA甲基化的结直肠癌。CIMP类型结直肠癌的致病机理及其在治疗上的反应和预后效果都与其它类型的结直肠癌存在很大差异,因此,研究CIMP具有重要的科学和临床意义。但是,目前还没有一个有效的、操作简单的技术可以鉴定CIMP,这在很大程度上阻止了对CIMP致病机理的研究及其在临床上的应用。目前主要报道了两个鉴定CIMP的方法,它们分别采用五个基因的启动子区DNA甲基化作为生物标记。第一种方法(CIMP-1)的生物标记为CACNA1G、CDKN2A、CRABP1、MLH1和NEUROG1;第二种方法(CIMP-2)的生物标记为CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3和SOCS1.这两种方法都是以5个基因中有3个或者3个以上的基因发生了DNA甲基化作为判定CIMP阳性的标准。但是目前这两种方法中哪一种或者哪几个生物标记最适合作为鉴定CIMP的标准并没有形成广泛共识。本研究运用Methylight;方法检测结直肠癌患者的癌组织中CACNA1G、 CDKN2A、CRABP1、MLH1、NEUROG1、IGF2、RUNX3和SOCS1这8个基因(其中2个基因是两种方法中共有的)的启动子区DNA甲基化,然后根据CIMP-1和CIMP-2的鉴定标准分别对结直肠癌样本进行CIMP分型,以CIMP-1和CIMP-2都为CIMP阳性作为判定CIMP阳性的最终标准(CIMP1+2,这应该是最可靠的标准,但是需要检测的基因也最多,不适合广泛推广),并以此标准来评估这8个基因鉴定CIMP的特异性和敏感度。在综合考虑每个基因的特异性和敏感度的基础上,筛选出最适合作为CIMP鉴定标记的基因,建立更加可靠的CIMP鉴定方法,并研究CIMP鉴定结果与年龄、性别、发病位置、分化程度、肿瘤分期及组织类型等临床资料之间的关系。以促进CIMP相关的科学研究和临床应用。方法：收集在2014年4月到2014年12月中昆明医科大学第一附属医院切除的结直肠癌组织标本100例,将样本提取DNA后,经过亚硫酸盐转化处理。运用Methylight方法检测结直肠癌患者的癌组织中CACNA1G、CDKN2A、CRABP1 、MLH1、NEUROG1、 IGF2、RUNX3和SOCS1这8个基因的启动子区DNA甲基化,然后根据CIMP-1和CIMP-2的鉴定标准分别对结直肠癌样本进行CIMP分型,以CIMP-1和CIMP-2都为CIMP阳性作为判定CIMP日性的最终标准(CIMP1+2),并以此标准来评估这8个基因鉴定CIMP的特异性和敏感度,在综合考虑每个基因的特异性和敏感度的基础上,筛选出最适合作为CIMP鉴定标记的基因,建立更加可靠的CIMP鉴定方法结果：(1)以CIMP-1、CIMP-2和CIMP1+2为标准分别对结直肠癌进行CIMP分型本研究共检测了100个结直肠癌样本中这8个基因的甲基化状态,以CIMP-1为鉴定标准时,共鉴定出CIMP阳性51例(51%),阴性49(49%)例;以CIMP-2为鉴定标准时,共鉴定出CIMP阳性37例(37%),阴性63(63%)。CIMP-1鉴定出的阳性率要显着高于CIMP-2(p<0.05)。如果以CIMP1+2为鉴定标准,则CIMP阳性为29例(29%),阴性为71例(71%)。(2) 以CIMP1+2为分型标准,根据每个基因的敏感性及特异性筛选出最合适的CIMP鉴定标记以CIMP1+2为标准,统计每个基因的敏感度及特异性,结果显示：MLH1、CRABP1、 CDKN2A、CACNA1G、NEUROG1、IGF2、RUNX3和SOCS1的敏感度分别为17.3%(5/29、93.1%(27/29)、100%(29/29)、93.1%(27/29)、75.9%(22/29)、86.2%(25/29)、 24.1%(7/29) 和 82.8%(24/29),特异性分别为 93.0%(66/71)、39.4%(28/71)、40.8%(29/71)、 71.8%(51/71)、67.6%(48/71)、50.7%(36/71、95.8%(68/71) 和 62.0%(44/71)。综合考虑每个基因的敏感度和特异性,发现CACNA1G(敏感度为93.1%,特异性为71.8%)NEUROG1(敏感度为75.9%,特异性为67.6%)、IGF2(敏感度为86.2%,特异性为50.7%)和SOCS1(敏感度为82.8%,特异性为62.0%)这4个基因最适合作为CIMP鉴定的生物标记。(3)用筛选出来生物标记进行CIMP分型以CACNAIG、NEUROG1、IGF2和SOCS1作为生物标记,以这4个基因中至少有3个发生DNA甲基化作为CIMP阳性的判断标准(CIMP-3),对结直肠癌样本进行CIMP分型,结果显示：CIMP阳性为34例(34%),阴性为66例(66%)。与原有方法CIMP-1 (51%)和CIMP-2 (37%)相比,新方法CIMP-3 (34%)鉴定结果的阳性率是最接近于CIMP1+2 (29%)。(4) CIMP-1、CIMP-2和CIMP-3的分型结果与CIMP 1+2的分型结果的比较CIMP-1、CIMP-2和CIMP-3的分型结果分别与CIMP1+2的分型结果相比较,发现CIMP-1与CIMP1+2相比,一致的有29个,不一致的有22个；CIMP-2与CIMP 1+2相比,一致的有29个,不一致的有8个。CIMP-3与CIMP1+2相比,一致的有28个,不一致的有7个。由此可以看出,与原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,新方法CIMP-3在CIMP鉴定的一致性上也是最接近CIMP1+2的。另外,从需要检测的基因数目上来说,CIMP-1和CIMP-2都需要检测5个基因,而新方法CIMP-3只需要检测4个基因。也就是说,与原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,新方法CIMP-3鉴定CIMP的准确性更高,而且实验操作上更简单,成本也更低。(5) CIMP-1、CIMP-2、CIMP-3和CIMP 1+2的分型结果与临床信息的相关性分析分析CIMP-1、CIMP-2、CIMP-3和CIMP1+2的分型结果与年龄、性别、发病位置、分化程度、肿瘤分期及组织类型等临床资料之间的相关性。发现所有CIMP分型结果与年龄、性别、肿瘤位置、肿瘤分期及组织类型之间均无相关性(p>0.05)；但所有的CIMP的分型结果与分化程度之间存在显着相关性(p<0.05)。结论：通过以上对CIMP分型的生物标记比较分析后,发现CACNAIG、NEUROG1、 IGF2、SOCS1等4个生物标记更适合作为CIMP分型的生物标记；而基于这4个生物标记所建立的鉴定CIMP的新方法(CIMP-3)与原有方法CIMP-1和CIMP-2相比,CIMP-3鉴定CIMP的准确性更高,而且实验操作上更简单,成本也更低,更加适合在科研和临床上进行广泛推广应用。(本文来源于《昆明医科大学》期刊2015-05-01）
洪永刚[8]（2015）在《CpG岛甲基化表型结直肠癌新标记物及临床病理特征研究》一文中研究指出研究目的：CpG岛甲基化表型(CIMP)是一种特殊的结直肠癌亚型,其特征在于基因启动子中的CpG岛大量甲基化,导致一些肿瘤抑制基因或肿瘤相关的基因失活。CIMP被发现与多种不同的临床和分子特征有关,比如对5-FU和西妥昔单敏感性低,患者预后更差等。然而,迄今CIMP结直肠癌的临床和分子特征之间仍然存在争议。造成这种争议的原因包括：研究人群的种族差异、病例对照选择标准,用于定义CIMP甲基化表型的基因marker不同,和DNA甲基化检测的方法不同。寻找新的CIMP marker和更为灵敏的检测方法是研究和评估CIMP肿瘤的主要挑战。本研究选择了5个新的基因SHISA3, STC2,TMEM200B,CTSL1和LRIF1,从散发性结直肠癌中筛选和鉴定CpG岛甲基化表型。研究方法：我们前期利用MBP沉淀测序的方法,比较了3对普通结直肠癌和正常对照,3对CIMP(利用经典的CIMP marker)的DNA甲基化谱,最终选择了5个仅在CIMP肿瘤中甲基化的基因作为标记分子,SHISA3,STC2, TMEM200B, C TSL1 LRIF1。分别收集216对结直肠癌和正常对照组织,抽提DNA后进行重亚硫酸盐处理,分别检测新的5对分子marker SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1和经典的分子marker CACNAIG, IGF2, NEUROG1, RUNX3,S0CS1的甲基化情况。为了更准确地量化甲基化,我们使用数字PCR(ddPCR)新技术来检测甲基化情况。结果：在我们分析的216个肿瘤,我们选择新的基因SHISA3, STC2, TMEM200B, CTSL1 LRIF1敏感性,特异性,PPV和NPV分别是80%,95.3%,85.7%和93.2%,比之前验证5个经典的基因CACNA1G,IGF2, NEUROG1, RUNX3,SOCS1有更高的敏感性和特异性：CIMP肿瘤中BRAF突变更为常见,但K-RAS突变低于非CIMP肿瘤。CIMP生存率显着低于非CIMP肿瘤。结论：新CIMP基因组合比经典5个基因组合具有更高的敏感性和特异性。(本文来源于《第二军医大学》期刊2015-05-01）
赵晓丽[9]（2014）在《全基因组甲基化谱和表达谱联合建立骨髓增生异常综合征的CpG岛甲基化表型及其临床价值》一文中研究指出背景和目的：CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype, CIMP)是存在于多种肿瘤中的一种表观遗传学现象,参与肿瘤的发生发展。异常DNA甲基化的明确可用于肿瘤的早期诊断、治疗以及风险评估。本研究的目的是明确骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome, MDS)的CIMP,为MDS的早期诊断和预后预测提供新的生物标记物。方法：我们使用Illumina450k甲基化芯片和Agilent全基因组表达谱芯片进行差异基因筛选,筛选出高甲基化低表达基因初步建立MDS的CIMP。通过甲基化特异性PCR (methylation-specific PCR, MSP)验证基因的甲基化、重硫酸盐测序(bisulfite-sequencing PCR cloning and sequencing, BSP)验证MSP的准确性和实时荧光定量PCR (real-time PCR, qRT-PCR)验证基因表达的方法在样本病例组及对照组中对筛选出的基因进行进一步验证。然后通过诊断试验评价的方法评价高甲基化基因单独或联合诊断MDS的效能。并通过Kaplan-Meier曲线计算CIMP亚组的无白血病生存时间和总体生存时间,采用Log-rank检验进行单因素的生存分析,且将单因素分析中有意义的因素纳入COX回归模型进行多因素分析,以明确CIMP是否是影响无白血病生存时间和总体生存时间的独立预后因素。结果：我们通过甲基化芯片和表达谱芯片联合进行差异基因的筛选,筛选出10个高甲基化低表达的基因,初步建立MDS的CIMP。然后在小样本MDS病例组(20例)和血液系统非恶性肿瘤对照组(20例)中进行甲基化和基因表达验证,进一步筛选高甲基化低表达的基因。通过验证,初步建立的MDS的CIMP修订为6个基因。在大样本病例组(211例)中验证结果表明,6个基因发生甲基化的病例数百分比为ABAT(97%)、DAPP1(9%%)、FADD (89%)、LRRFIP1 (96%)、 PLBD1 (89%)和SMPD3 (85%)。诊断试验评价中曲线下面积(95%可信区间)为0.9768(0.9609-0.9928)。5个或5个以上基因同时甲基化时诊断MDS的特异度和灵敏度分别为95%和91%,所以我们将有5个或5个以上基因同时甲基化的病人归为CIMP+亚组。为明确CIMP对MDS患者总体生存时间和无白血病生存时间是否有影响,我们进行了Kaplan-Meier生存分析。CIMP+亚组和CIMP-亚组相比,总体生存时间(p=0.0422)和无白血病生存时间(p=0.0308)均有较明显的统计学意义,证明CIMP+是MDS患者预后差的独立预后因素。单因素分析表明P+/-、年龄、血红蛋白量、MCV、WHO分型、骨髓原始细胞比例、IPSS染色体分组、IPSS外周血细胞减少和IPSS危险分级均是MDS患者总体生存时间和无白血病生存时间的重要影响因素。为进一步评估在单因素分析中有意义的预后因素,我们将这几个因素纳入COX回归模型进行多因素分析,结果显示CIMP+是影响MDS患者总体生存时间(HR=4.82)和无白血病生存时间(HR=3.91)最强的独立危险因素。所以我们确定CIMP是MDS患者的独立预后因素。结论：我们的研究结果表明ABAT、DAPP1、FADD、LRRFIP1、PLBD1、SMPD3这6个基因可以建立MDS的CIMP。新建立的CIMP可能成为MDS的新的生物标记物,用于提高MDS诊断的准确性,也可用于MDS的预后危险评估。(本文来源于《复旦大学》期刊2014-04-01）
史冬涛[10]（2014）在《3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型与胃癌关系的研究》一文中研究指出目的：利用已发表相关文献中的数据进行系统性Meta分析，以期明确RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌发生的关系。方法：使用PubMed和Web of Science数据库搜索2013年7月以前所有相关文献。如果某研究属于病例-对照研究，且RASSF1A基因启动子甲基化的频率能在文中获取，那么该研究将被纳入我们的Meta分析。所有的数据由2位研究者独立检索并按照制定的数据收集标准进行收集。使用优势比(OR)及其95%可信区间(95%CI)来衡量RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌风险之间的关系。使用基于卡方检验的Q检验和敏感性分析，评估不同研究间潜在的异质性，用漏斗图检验发表偏倚。结果：纳入文献11篇，共涉及研究病例1215例。将所有数据纳入Meta分析，结果显示RASSF1A基因启动子甲基化与胃癌风险有密切相关性（OR,12.67;95%CI,8.12-19.78;P<0.001），且纳入的文献之间不存在异质性。亚组分析进一步表明，RASSF1A基因甲基化的个体与未发生甲基化的个体相比，患胃癌的风险显着增加。整体和亚组分析均没有发现发表偏倚。结论：RASSF1A基因启动子甲基化显着增加胃癌的发病风险，RASSF1A基因启动子甲基化有希望成为潜在的胃癌风险预测因子。目的：研究3号染色体短臂(3p)抑癌基因启动子区CpG岛甲基化表型(CIMP)在胃癌及对照癌旁组织中表达状态，分析其与胃癌患者临床病理及预后的关系。方法：采用甲基化特异性PCR(MSP)方法检测100例胃癌组织及其对应癌旁组织中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、FHIT和RAR-B共8个抑癌基因启动子区甲基化表型状态。CIMP阳性定义为每份样本中同时有四个或多于四个基因同时甲基化。结果：100例胃癌组织样本中有99例(99%)表现出至少有一个基因的启动子区呈现甲基化，胃癌组织中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、 FHIT和RAR-B基因启动子区甲基化阳性率分别为7%、9%、58%、56%、43%、64%、67%和18%，对应癌旁组织中各基因甲基化阳性率分别为2%、2%、8%、35%、5%、55%、25%和13%。两组间VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A和FHIT基因的甲基化阳性率存在显着差异（P=0.030，P<0.001，P=0.003，P<0.001和P<0.001）。胃癌组织和对照癌旁组织中CIMP阳性率分别为44%和4%，两组间有显着差异（P<0.001）。胃癌组织CIMP阳性与肿瘤分化程度密切相关，分化程度越差其CIMP阳性率越高（P=0.004）；与淋巴结转移亦显着相关，伴淋巴结转移者其CIMP阳性率较无淋巴结转移者显着增高（P=0.005）；与其余病理特征包括性别、年龄、肿瘤直径、临床分期和TNM分期均无关（P>0.05）。CIMP阴性组和阳性组患者中位生存时间分别为31和15个月，生存率差异有统计学意义（P=0.009）。Cox回归多因素分析显示，CIMP是影响胃癌患者预后的独立因素（OR,4.3063;95%CI,1.7158-10.8084; P=0.002）。结论：3pCIMP阳性率在胃癌组织和正常胃黏膜中有显着差异，3pCIMP异常状态可能在胃癌形成的早期已经发生，可能影响肿瘤分化、导致淋巴结转移，可作为预测胃癌患者预后的重要指标。目的：研究3p CIMP在癌血样本和正常人外周血细胞样本中的阳性率差异，研究其与胃癌易感性的关系。方法：采用MSP方法检测100例胃癌外周血及70例正常人外周血白细胞中hOGG1、VHL、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A、BLU、 FHIT和RAR-B共8个抑癌基因启动子区甲基化状态。结果：胃癌组和对照组hOGG1和VHL基因都未发现甲基化异常，故将这两个基因排除，胃癌组6个抑癌基因启动子区甲基化阳性率分别为：hMLH124.0%(24/100)，SEMA3B62.0%(62/100)，RASSF1A20.0%(20/100)，BLU48.0%(48/100)，FHIT50.0%(50/100)和RAR-B6.00%(6/100)；对照组各基因甲基化阳性率明显降低：hMLH17.1%(5/70)，SEMA3B28.6%(20/70)，RASSF1A2.9%(2/70)，BLU35.7%(25/70)，FHIT25.7%(18/70)和RAR-B4.3%(3/70)。两组间hMLH1、SEMA3B、FHIT和RASSF1A基因甲基化阳性率有显着差异（P=0.004，P=0.000，P=0.001，P=0.001）。胃癌组与对照组血样中的CIMP阳性率分别为30%(30/100)和4.3%(3/70)，两组间CIMP阳性率有显着差异（P<0.001）。3pCIMP阳性与肿瘤低分化及淋巴结转移密切相关（P=0.019，P=0.032）。Logistic回归分析显示， FHIT、hMLH1、SEMA3B、RASSF1A基因启动子区甲基化和3pCIMP阳性与胃癌风险有密切相关性（OR2.78,95%CI1.32-5.45; OR3.89,95%CI1.37-10.89;OR3.97,95%CI1.97-7.27; OR3.97,95%CI1.97-7.27; OR8.37,95%CI1.87-35.33; OR9.53,95%CI2.63-30.83），敏感性分别为50%、24%、62%、20%和30%，特异性分别为74.3%、92.9%、52.9%、97.1%和95.7%，阳性预测值分别为73.5%、82.8%、75.6%、90.9%和90.9%，准确度分别为60%、52.4%、65.9%、51.8%和57.1%。结论：胃癌患者和正常人对照的外周血细胞3pCIMP阳性率有显着差异，3pCIMP阳性可以显着增加胃癌的发病风险（OR9.53,95%CI2.63-30.83），将有可能成为胃癌有用的易感预测因子，3pCIMP阳性可能是胃癌低分化和淋巴结转移的预测指标。(本文来源于《苏州大学》期刊2014-03-01）
岛甲基子表型论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的恶性肿瘤之一,是由遗传学和表观遗传学改变逐渐积累导致的.随着一类被称为"CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype,CIMP)"的CRC被发现,表观遗传学修饰在CRC发病中的作用就受到了越来越多的重视.CIMP是一类基因组中有高比例的基因启动子区发生了DNA高甲基化的CRC.目前研究显示CIMP具有多个分子水平的特征,而且CIMP与多个临床特征显着相关,但是还不清楚CIMP的具体致病原因和发病机制.CIMP在治疗上的预后和反应与其他CRC存在很大差异,但是目前没有被广泛认可的鉴定CIMP的生物标记,从而阻止了CIMP用于指导临床上CRC的个体化治疗.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
岛甲基子表型论文参考文献
[1].矣金华.结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）与错配修复基因表达缺失相关性研究[D].昆明医科大学.2016
[2].矣金华,刘江,王昆华.结直肠癌CpG岛甲基化表型的研究进展[J].世界华人消化杂志.2016
[3].韩梅,史冬涛,曹健,田文妍,张洪涛.胃癌3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型研究[J].胃肠病学.2015
[4].洪永刚,颜宏利,田兆峰,吴康,郝立强.利用微滴数字PCR进行CpG岛甲基化表型结直肠癌分子分型[J].中国肿瘤生物治疗杂志.2015
[5].吴康,孙小波,李艳艳,李亚周,邓安梅.CpG岛甲基化表型肺癌的分型标记及临床病理特征[J].第二军医大学学报.2015
[6].李奎.中国人群中的结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）分析[D].昆明医科大学.2015
[7].张同.结直肠癌CpG岛甲基化表型（CIMP）的鉴定方法评估与改进[D].昆明医科大学.2015
[8].洪永刚.CpG岛甲基化表型结直肠癌新标记物及临床病理特征研究[D].第二军医大学.2015
[9].赵晓丽.全基因组甲基化谱和表达谱联合建立骨髓增生异常综合征的CpG岛甲基化表型及其临床价值[D].复旦大学.2014
[10].史冬涛.3号染色体短臂抑癌基因CpG岛甲基化表型与胃癌关系的研究[D].苏州大学.2014