基于线粒体DNA的阿拉善马鹿种群遗传多样性与系统进化研究

论文摘要

阿拉善马鹿（Cervus elaphus alashhanicus）为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,了解其遗传多样性水平对该种群的保护具有重要作用。本研究于2016年7～8月和2017年2～4月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本219份,使用微卫星引物对鉴定为马鹿的粪便进行基因分型排除重复个体,并基于线粒体Cyt b区DNA和D-loop DNA两种标记进行阿拉善马鹿的遗传多样性研究和系统发生树构建,研究结果如下:1.使用线粒体Cyt b区DNA进行物种鉴定,成功扩增得到158个序列,通过NCBI比对确定扩增所得序列均为阿拉善马鹿线粒体Cyt b区DNA序列。经过筛选使用10对微卫星引物（PIC值在0.473-0.874之间）对物种鉴定为马鹿的粪便进行基因分型,排除了 3个重复个体,得到155条不重复个体的Cyt b DNA序列。2.基于线粒体Cyt b DNA序列,阿拉善马鹿与其他中国分布的马鹿亚种相比遗传多样性水平较低（π=0.00026,h=0.207）。基于线粒体D-loop DNA序列研究发现阿拉善马鹿与其他中国分布的马鹿亚种相比遗传多样性较丰富（π=0.24976,h=0.480）。3.基于线粒体Cyt b DNA构建的ML和NJ系统发生树发现,阿拉善马鹿种群单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。基于线粒体D-loop DNA构建的ML和NJ系统发生树发现,阿拉善马鹿有两个单倍型聚为一支,与东北马鹿亲缘关系较近,另一个单倍型与其他马鹿亚种聚为一支。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 绪论
•   1.1 研究背景
•   1.2 阿拉善马鹿研究概况
•     1.2.1 阿拉善马鹿种群数量调查
•     1.2.2 阿拉善马鹿生境选择研究
•     1.2.3 阿拉善马鹿食性研究
•   1.3 种群遗传学研究方法
•     1.3.1 非损伤取样法
•     1.3.2 分子标记
•     1.3.3 系统发生树
•   1.4 马鹿的遗传学研究概况
•   1.5 研究目的和意义
•   1.6 拟解决的科学问题
• 2 材料与方法
•   2.1 样品采集
•   2.2 DNA提取
•     2.2.1 实验使用仪器
•     2.2.2 实验使用试剂
•     2.2.3 粪便DNA提取
•     2.2.4 皮张DNA提取
•   2.3 扩增与测序
•     2.3.1 引物选择
•     2.3.2 PCR扩增
•     2.3.3 PCR产物测序
•   2.4 数据分析
•     2.4.1 物种鉴定
•     2.4.2 个体识别
•     2.4.3 线粒体DNA序列分析
• 3 结果
•   3.1 物种鉴定
•   3.2 个体识别
•   3.3 Cytb序列分析
•     3.3.1 Cytb基因序列变异及遗传多样性
•     3.3.2 系统发生树构建与单倍型网络关系图
•   3.4 D-loop序列分析
•     3.4.1 D-loop基因序列变异及遗传多样性
•     3.4.2 系统发生树构建与单倍型网络关系图
• 4 讨论
•   4.1 样品质量分析
•   4.2 微卫星引物可行性分析
•   4.3 遗传多样性分析
•   4.4 系统发育分析
• 结论
• 参考文献
• 附录
• 攻读学位期间发表的学术论文
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 乔付杰

导师: 刘振生

关键词: 阿拉善马鹿,线粒体,遗传多样性

来源: 东北林业大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 东北林业大学

基金: 国家自然科学基金资助项目(31870512),宁夏贺兰山国家级自然保护区2018年监测体系建设补助资金项目(NLF2018-35),宁夏贺兰山国家级自然保护区马鹿等极度濒危野生动物拯救保护监测,调查项目(NLF2016-220)

分类号: Q953

DOI: 10.27009/d.cnki.gdblu.2019.000576

总页数: 52

文件大小: 3391K

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