剧毒裂皮鹅膏转录组测序与毒肽相关基因家族分析

论文摘要

裂皮鹅膏（Amanita rimosa）是中国特有的剧毒蘑菇资源,其子实体含有多种鹅膏肽类毒素,常引起严重的中毒死亡事件。剧毒鹅膏菌的毒肽基因家族可编码多种毒环肽及丰富的未知功能肽类,目前裂皮鹅膏的毒肽基因家族尚未开展系统的研究。本研究以裂皮鹅膏新鲜子实体为材料提取RNA,构建cDNA文库。利用Illumina HiSeq 2000测序平台进行转录组测序,采用Trinity软件组装拼接,首次获得了裂皮鹅膏的转录组数据,转录组测序共获得19 598条Unigenes,通过Nr、KEGG、SwissPort及KOG数据库比对获得Unigene的功能注释。基于转录组序列和PCR验证获取了裂皮鹅膏的毒肽及相关肽类不同编码基因24条,分别编码α-amanitin、β-amanitin和Phallacidin等3种毒肽,以及编码21种未知功能肽类,其中16种为首次预测的新肽类。并对裂皮鹅膏毒肽基因家族编码的前体肽进行了系统聚类分析,明确了其系统发育位置。研究结果表明裂皮鹅膏具有丰富的毒肽及相关肽类的编码基因,为鹅膏肽类毒素的基因表达和新肽类资源的开发利用提供了数据。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 裂皮鹅膏转录组测序与组装
•   1.2 裂皮鹅膏转录组unigene的基本功能注释
•   1.3 裂皮鹅膏毒肽及其相关肽类基因家族分析与验证
•   1.4 裂皮鹅膏MSDIN多肽序列保守性分析
•   1.5 裂皮鹅膏MSDIN家族前体肽聚类分析
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 样品采集及总RNA提取
•   3.2 构建cDNA文库及测序
•   3.3 测序原始数据处理及从头组装
•   3.4 转录组数据基本功能注释
•   3.5 转录组MSDIN家族基因检索及PCR验证
•   3.6 MSDIN家族序列聚类分析

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 贺勇,张成花,邓旺秋,李泰辉,周小云

关键词: 裂皮鹅膏,转录组,系统发育

来源: 基因组学与应用生物学 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 湖南农业大学生物科学技术学院,广东省科学院广东省微生物研究所华南应用微生物国家重点实验室广东省菌种保藏与应用重点实验室

基金: 国家自然科学基金项目(No.31470155),广州市科技计划重点项目(No.201607020017)共同资助

分类号: Q933

DOI: 10.13417/j.gab.038.002603

页码: 2603-2612

总页数: 10

文件大小: 1184K

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