双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径及底物蛋白分析

论文摘要

[目的]采用生物信息学方法分析双歧杆菌BB12菌株的Sec途径分泌系统及预测底物蛋白。[方法]以双歧杆菌BB12菌株基因组注释的蛋白氨基酸序列为研究对象,在NCBI中以Fasta形式下载,采用一系列生物信息学软件分析该基因组中Sec分泌途径及底物蛋白行使的功能,同时采用COG功能数据库对这些蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]通过分析发现双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径相关的蛋白基因共有9个,其中5个是Sec分泌途径构建蛋白基因,2个信号肽酶识别基因,1个脂蛋白信号肽识别基因和1个信号肽识别蛋白编码基因。Sec底物蛋白分析发现该菌共含1 583个蛋白,经过Sec分泌途径到细胞外的蛋白有57个,35个具有COG功能,占61%,其中被Spase Ⅰ型信号肽酶识别的有37个,被SpaseⅡ型信号肽酶识别的有20个。[结论]COG功能注释显示一些蛋白没有功能,有功能的蛋白主要与氨基酸运输和代谢、碳水化合物的运输和代谢、功能细胞壁/膜和无机离子运输和代谢功能有关。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 动物双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径分析。
•     1.2.2 动物双歧杆菌BB12菌株底物预测及功能分析。
• 2 结果与分析
•   2.1 动物双歧杆菌BB12菌体Sec分泌装置分析
•   2.2 双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径底物蛋白分析
• 3 讨论与结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 岳旭升,暮雪,张百惠,吴天,张路路,朱德全

关键词: 双歧杆菌,基因组,分泌蛋白,功能分析

来源: 安徽农业科学 2019年19期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 佳木斯大学理学院,佳木斯大学生命科学学院

基金: 黑龙江省大学生创新创业训练计划重点项目(201810222022)

分类号: Q936

页码: 175-177

总页数: 3

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